Sau năm 1954, huyện Tuần Giáo có thị trấn nông trường Mường Ẳng và 20 xã: Búng Lao, Chiềng Sinh, Mùn Chung, Mường Ẳng, Mường Báng, Mường Đăng, Mường Đun, Mường Lạn, Mường Mùn, Mường Thín, Nà Sáy, Phình Sáng, Pú Nhung, Quài Cang, Quài Nưa, Quài Tở, Xá Nhè, Ta Ma, Tênh Phong, Tỏa Tình.

Ngày 7 tháng 4 năm 1965, thành lập thị trấn Tuần Giáo, thị trấn huyện lỵ huyện Tuần Giáo trên cơ sở một phần diện tích và dân số của xã Quài Cang.

Ngày 30 tháng 3 năm 1967, chia xã Mường Ẳng thành 3 xã: Ẳng Cang, Ẳng Nưa, Ẳng Tở.[3]

Ngày 15 tháng 12 năm 1977, chuyển 3 xã Mường Báng, Mường Đun, Xá Nhè về huyện Tủa Chùa quản lý.[4]

Ngày 26 tháng 5 năm 1997, giải thể thị trấn nông trường Mường Ẳng, thành lập thị trấn Mường Ẳng trên cơ sở 502 ha diện tích tự nhiên và 2.900 người của xã Ẳng Nưa.[5]

Ngày 26 tháng 11 năm 2003, huyện Tuần Giáo thuộc tỉnh Điện Biên mới được thành lập.

Cuối năm 2005, huyện Tuần Giáo có 2 thị trấn: Tuần Giáo (huyện lỵ), Mường Ẳng và 19 xã: Chiềng Sinh, Mường Mùn, Mường Thín, Nà Sáy, Phình Sáng, Pú Nhung, Quài Cang, Quài Nưa, Quài Tở, Ta Ma, Tênh Phông, Tỏa Tình, Mùn Chung, Ảng Cang, Ảng Nưa, Ảng Tở, Búng Lao, Mường Đăng, Mường Lạn.

Ngày 14 tháng 11 năm 2006, Chính phủ ban hành Nghị định số 135/NĐ-CP.[6] Theo đó:

• Thành lập xã Xuân Lao trên cơ sở 5.478,05 ha diện tích tự nhiên và 4.079 người của xã Búng Lao
• Thành lập xã Nặm Lịch trên cơ sở điều chỉnh 3.582 ha diện tích tự nhiên và 2.307 người của xã Mường Lạn.
• Thành lập xã Ngối Cáy trên cơ sở điều chỉnh 5.237,22 ha diện tích tự nhiên và 2.585 người của xã Mường Đăng
• Điều chỉnh 138,30 ha diện tích tự nhiên và 465 người của xã Ẳng Cang; 2,604 ha diện tích tự nhiên và 58 người của xã Ẳng Nưa về thị trấn Mường Ẳng quản lý và đổi tên thị trấn Mường Ẳng thành thị trấn Mường Ảng
• Thành lập huyện Mường Ảng trên cơ sở điều chỉnh 44.320,35 ha diện tích tự nhiên và 37.077 người thuộc thị trấn Mường Ảng và 9 xã: Ẳng Cang, Ẳng Nưa, Ẳng Tở, Búng Lao, Mường Lạn, Mường Đăng, Xuân Lao, Nặm Lịch, Ngối Cáy của huyện Tuần Giáo.

Huyện Tuần Giáo còn lại còn lại 113.629,45 ha diện tích tự nhiên và 71.423 người, bao gồm thị trấn Tuần Giáo và 13 xã: Chiềng Sinh, Mùn Chung, Mường Mùn, Mường Thín, Nà Sáy, Phình Sáng, Pú Nhung, Quài Cang, Quài Nưa, Quài Tở, Ta Ma, Tênh Phông, Tỏa Tình.

Ngày 25 tháng 8 năm 2012, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 45/NQ-CP.[7] Theo đó:

• Thành lập xã Nà Tòng trên cơ sở 3.755 ha diện tích tự nhiên và 2.264 người của xã Mùn Chung
• Thành lập xã Pú Xi trên cơ sở 12.212,11 ha diện tích tự nhiên và 2.351 người của xã Mường Mùn
• Thành lập xã Rạng Đông trên cơ sở 3.902,0 ha diện tích tự nhiên và 3.220 người của xã Phình Sáng
• Thành lập xã Chiềng Đông trên cơ sở 3.898,0 ha diện tích tự nhiên và 4.997 người của xã Chiềng Sinh
• Thành lập xã Mường Khong trên cơ sở 10.716,81 ha diện tích tự nhiên và 2.866 người của xã Nà Sáy.

Huyện Tuần Giáo có 1 thị trấn và 18 xã như hiện nay.